blastn

뉴클레오타이드-뉴클레오타이드 BLAST. 더 많은 정보: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279684/table/appendices.T.blastn_application_options/.

• 메가블라스트(기본값)를 사용하여 두 개 이상의 서열 정렬, e-value 임계값 1e-9, 쌍별 출력 형식(기본값):

blastn -query query.fa -subject subject.fa -evalue 1e-9

• blastn을 사용하여 두 개 이상의 서열 정렬:

blastn -task blastn -query query.fa -subject subject.fa

• 사용자 정의 표형식 출력, 파일로 출력:

blastn -query query.fa -subject subject.fa -outfmt '6 qseqid qlen qstart qend sseqid slen sstart send bitscore evalue pident' -out output.tsv

• 뉴클레오타이드 쿼리를 사용하여 뉴클레오타이드 데이터베이스 검색, BLAST 검색에 사용할 스레드(CPU) 16개, 최대 10개의 정렬된 서열 유지:

blastn -query query.fa -db 경로/대상/blast_db -num_threads 16 -max_target_seqs 10

• 원격 비중복 뉴클레오타이드 데이터베이스를 뉴클레오타이드 쿼리로 검색:

blastn -query query.fa -db nt -remote

• 도움말 표시 (-help로 자세한 도움말 사용):

blastn -h