samtools

고처리량 시퀀싱(유전체학) 데이터를 처리하기 위한 도구. SAM/BAM/CRAM 형식의 데이터를 읽기/쓰기/편집/색인/보기 위해 사용됩니다. 더 많은 정보: https://www.htslib.org.

• SAM 입력 파일을 BAM 스트림으로 변환하고 파일로 저장:

samtools view -S -b 입력.sam > 출력.bam

• stdin(-)에서 입력을 받아 특정 영역과 겹치는 모든 읽기 및 SAM 헤더를 stdout에 출력:

다른_명령어 | samtools view -h - chromosome:start-end

• 파일을 정렬하여 BAM으로 저장 (출력 형식은 출력 파일의 확장자로 자동 결정됨):

samtools sort 입력 -o 출력.bam

• 정렬된 BAM 파일 색인 (<span class="tldr-var badge badge-pill bg-dark-lm bg-white-dm text-white-lm text-dark-dm font-weight-bold">sorted_input.bam.bai</span> 생성):

samtools index 정렬된_입력.bam

• 파일의 정렬 통계 출력:

samtools flagstat 정렬된_입력

• 각 색인(염색체/컨티그)에 대한 정렬 수 계산:

samtools idxstats 정렬된_색인_입력

• 여러 파일 병합:

samtools merge 출력 입력1 입력2 …

• 읽기 그룹에 따라 입력 파일 분할:

samtools split 병합된_입력