nextclade

바이러스 유전체 정렬, 계통 할당 및 품질 검사를 위한 생물정보학 도구. 더 많은 정보: https://docs.nextstrain.org/projects/nextclade/en/stable/user/nextclade-cli/index.html.

• 사용자 제공 [r]eference에 시퀀스를 정렬하고, 정렬 결과를 파일로 출력:

nextclade run 경로/대상/시퀀스.fa -r 경로/대상/레퍼런스.fa -o 경로/대상/정렬결과.fa

• 최신 [d]ataset을 자동으로 다운로드하여 [t]SV 보고서 생성:

nextclade run 경로/대상/fasta -d 데이터셋_이름 -t 경로/대상/보고서.tsv

• 사용 가능한 모든 데이터셋 나열:

nextclade dataset list

• 최신 SARS-CoV-2 데이터셋 다운로드:

nextclade dataset get --name sars-cov-2 --output-dir 경로/대상/폴더

• 다운로드한 [D]ataset을 사용하여 모든 [O]utputs 생성:

nextclade run -D 경로/대상/데이터셋_폴더 -O 경로/대상/출력_폴더 경로/대상/시퀀스.fasta

• 여러 파일에서 실행:

nextclade run -d 데이터셋_이름 -t 경로/대상/출력_tsv -- 경로/대상/입력_fasta_1 경로/대상/입력_fasta_2 …

• 시퀀스가 정렬되지 않을 경우 역상보 시도:

nextclade run --retry-reverse-complement -d 데이터셋_이름 -t 경로/대상/출력_tsv 경로/대상/입력_fasta