bedtools

Un coltellino svizzero di strumenti per una vasta gamma di operazioni di analisi genomica. Usato per intersecare, raggruppare, convertire e contare dati in formato BAM, BED, GFF/GTF, VCF. Maggiori informazioni: https://bedtools.readthedocs.io.

• Interseca il file [a] ed il/i file [b] in base alla sequenza del filamento [s] e salva il risultato in un file specifico:

bedtools intersect -a percorso/del/file_A -b percorso/del/file_B1 percorso/del/file_B2 … -s > percorso/del/file_output

• Interseca 2 file in base a una [l]eft [o]uter [j]oin ovvero una unione d'insieme di dati ordinati in colonne che restituisce i dati della tabella di sinistra. Es: riporta ogni proprietà presente nel file1 e NULL dove non c'è sovrapposizione con file2:

bedtools intersect -a percorso/del/file1 -b percorso/del/file2 -loj > percorso/del/file_output

• Usa un algoritmo più efficiente per intersecare due file precedentemente ordinati:

bedtools intersect -a percorso/del/file1 -b percorso/del/file2 -sorted > percorso/del/file_output

• Seleziona in un file le prime tre colonne e la quinta [c]olonna utilizzando la sesta colonna per ra[g]gruppare i dati al fine di poter calcolare tramite un'[o]perazione di addizione la somma delle colonne 1,2,3 e 5 per ciascun gruppo:

bedtools groupby -i percorso/del/file -c 1-3,5 -g 6 -o sum

• Converti un file in [i]nput formattato bam in un file formattato bed:

bedtools bamtobed -i percorso/del/file.bam > percorso/del/file.bed

• Trova per tutte le proprietà presenti nel file1.bed la più vicina nel file2.bed e aggiunge la loro [d]istanza in una ulteriore colonna al risultato finale (i file in input devono essere ordinati):

bedtools closest -a percorso/del/file1.bed -b percorso/del/file2.bed -d